Vil du bidrage til medicinsk forskning på topniveau?
Én forskningsassistentstilling til ca. 6 måneders projektansættelse (barselsvikariat) på Afdelingen for Mave-, Tarm- og Leversygdomme, Herlev Hospital er ledig til besættelse snarest. I afdelingens forskningslaboratorium er der aktuelt tilknyttet fire bioanalytikere, to postdocs, to ph.d.-studerende, én 1. reservelæge samt flere studenter. Derudover samarbejder vi i forbindelse med det aktuelle projekt med bioinformatikere/forskere på Københavns Universitet (BRIC og Panum).
Som forskningsassistent skal du videreføre et igangværende forskningsprojekt i samarbejde med professor Kim B. Jensen, Novo Nordisk Foundation Center for Stem Cell Medicine (reNEW), Panum og professor Albin Sandelin, Computational and RNA Biology, BRIC, som undersøger epigenetiske forandringer i tarmepitelceller efter behandling med betændelsesdæmpende lægemidler hos patienter med colitis ulcerosa (blødende tyktarmsbetændelse). Vi har over de seneste 1½ år indsamlet materiale og dyrket 3D tarm-organoider fra 40 patienter – henholdsvis 20 raske individer og 20 patienter med blødende tyktarmsbetændelse - før og efter behandling med binyrebarkhormon. Materialet skal nu analyseres via avancerede genomiske teknikker (RNAseq, ATACseq, DNA methylering).
Dine hovedopgaver bliver:
- At dyrke 3D tarm-organoider med en veletableret teknik, lave bibliotek og sende prøver til ATACseq.
- Samarbejde med bioinformatikere på Københavns Universitet med henblik på at få analyseret data af relevans for projektet (herunder RNAseq, ATACseq, DNA methylering).
- Samarbejde med bioanalytikere med henblik på præparering af allerede indsamlede tarmorganoider til sekventering og potentielle funktionelle studier.
- Opsætning og klargøring af data til senere publikation (vil ske i tæt samarbejde med andre forfattere – du tilbydes medforfatterskab inkl. på relaterede publikationer).
Du besidder følgende kvalifikationer:
- En kandidatuddannelse i molekylær biomedicin/bioteknologi/bioinformatik/human biologi/biokemi/eller tilsvarende uddannelsesmæssige kvalifikationer, hvor du samtidigt er flydende i engelsk.
- En problemløsende, struktureret og resultatorienteret personlighed.
- Evne til selvstændigt at organisere din egen arbejdsrutine og fleksibelt tilpasse din ugentlige tidsplan.
- Dokumenteret tidligere praktisk erfaring med at forberede prøver til ATACseq.
- Ansøgere med tidligere erfaring med at dyrke 3D organoider/analysering af forskellige typer af NGS-data vil blive foretrukket.
- Tidligere publikationserfaring vil være en fordel
Yderligere oplysninger omkring projektet kan indhentes ved henvendelse til cand.scient., Agnete Granau på marie.agnete.granau.01@regionh.dk eller på 38683456.
Motiveret ansøgning med CV fremsendes til professor, overlæge, dr.med. Ole Haagen Nielsen på ole.haagen.nielsen@regionh.dk senest 5. februar 2023.